中国加入世界贸易组织之后，跨境海运物流经济市场化程度明显加深，市场对航运资源的配置发挥更加重要的作用。
航运资源超越国界在国际市场中进行配置：第一，中国-美国海运运力更多地参与中外之间的运输以及第三国之间的运输，中国运力受本国之外的FBA海运市场需求的影响越来越大；第二，更多的亚马逊头程运力参与中外之间的运输，中国的跨境物流海运市场需求对国外运力的影响越来越大。
2008年，世界金融危机爆发，呼吁政府干预成为亚马逊头程海运业界热议的问题，再度倡导国货国运的政策。在世界经济贸易繁荣，尤其是美国海运需求旺盛的背景下，中国海运企业的规模不断壮大。中国远洋运输（集团）总公司和中国海运(集团)总公司是中国规模最大的两家海运企业，从2002年至2008年，企业的运力规模迅速扩大，中国远洋运输（集团）总公司从2002年的1877万载重吨增长到2008年的5321万载重吨，增长1.8倍；中国海运（集团）总公司从2002年的843.91万载重吨增长到2008年的1798万载重吨，增长1.1倍。好景不长，2008年世界金融危机爆发，世界经济衰退，国际贸易萧条，跨境海运遭受严重冲击。
2011年，世界经济再度下滑，国际物流市场出现“二次探底”。海运业成为金融危机以来受到严重冲击的行业之一，海运资源出现大量过剩。2011年，中国A股10大亏损企业中，海运类企业占4个，中小型海运企业更是纷纷破产，跨境物流海运业面临1949年以来最为严峻的形势。2011年，国内航运企业大概有70%处于亏损状态，2012年这个数字超过了80%。2012年2月2日，波罗的海综合运价指数（BDI）跌至651点，创下26年来的最低点，海运市场整体低迷不断加剧。各亚马逊海运货代纷纷在营运上采取合并航线，在技术上采取“加船减速”，在管理上采取临时封存运力等措施，尽量减少美国海运市场上有效运力的增长，但是难以改变运力总体过剩的局面。2008年前三季度，中国亚马逊海运企业都能实现盈利，但是到了2009年，同比均大幅下降，其中中海集运竟然下降1354%，效益下降幅度最大，下降幅度最小的招商轮船也达到74%。中国远洋运输(集团)总公司是在金融危机中损失最为严重的中国海运企业。
2007年，中国远洋运输(集团)总公司倾力打造资本平台——中国远洋。融资过千亿的中国远洋频繁“触礁”，业绩惨不忍睹，三度成为A股“亏损王”。中国远洋的溃败是中国海运经济衰退的缩影。由于国内外亚马逊海运市场运力过剩，运价连创新低，国内外投资者对海运和造船类上市的公司风险偏好明显降低。在此背景下，国内海运公司上IPO和再融资基本停滞。
二、政府救市
世界金融危机的蔓延使世界经济发展明显减速，国际物流市场萧条，亚马逊货代海运业发展也面临严峻形势。跨境物流业界不断呼吁中国政府进行救市，在此后数年的全国两会上多次提出议案。积极争取中央和地方人民政府以及有关部门在税收、财政补贴等方面对水运企业给予支持；积极发展船舶融资租赁，解决水运企业融资难、融资成本高的问题；加强与有关部门的沟通和协调，进一步落实中资方便旗船回国登记政策，提高国轮承运国货的比例；鼓励水运企业之间、水运企业与货主间实行联合、联盟、合作经营、互利共赢，建立长期稳定的战略合作机制；水运行业协会要充分发挥作用，加强行业自律，组织港航企业和水运施工企业，加强沟通和合作，做好市场稳定工作，防止恶性竞争。
政府救市的措施分两个层次：第一，直接干预运输资源的配置，如提高国轮承运国货的比例以及鼓励亚马逊货代企业与货主间实行联合、联盟、合作经营、互利共赢；第二，间接干预运输资源的配置，如加强运力宏观调控，严格控制新增船舶运力，在税收、财政补贴等方面对运输企业给予支持。从实施的效果看，没有达到救市的目标。政府直接干预运输资源的配置并没有采取强制性的方式，只是在宣传上的鼓励和倡导。中资方便旗船回国登记政策虽然在推进，但是回国登记的船舶数量较少，试图通过增加中国籍船舶数量来提高国轮承运国货的比例似乎只是政府的“一厢情愿”。对于政府鼓励船主与货主间实行联合，船主与货主都已经是独立的经济实体，是否实行联合都以利益最大化为准则，并没有完全按照政府的号召作出决策。政府间接干预运输资源的配置其效力更弱，如运力的宏观调控没有真正实施。截至2011年9月20日，已取得交通运输部批准正在建造或即将建造的油船共367艘、268.87万载重吨，占已有总运力规模的32%；已取得交通运输部批准筹建尚未开业的经营主体数量为100家，占现有经营主体的42%。这说明金融危机以后，政府并没有立即采取干预手段限制运力准入。尽管政府在跨境物流运输资源配置方面的影响力减弱，但是，在对海洋运输的行政管理方面的影响在加强。
2009年初，交通运输部海事局下发《关于采取积极措施帮助航运企业应对金融危机的通知》，要求各级海事管理机构突出服务，深入研究金融危机给中国航运业和水上交通安全带来的影响，提出具体服务航运企业的措施，真诚帮助和支持航运企业排忧解难，降低金融危机的影响，增强跨境航运企业应对当前困难局面的能力，帮助企业提高效益，主动服务地方经济社会发展。主要措施有严格落实诚信船舶物流的各项优惠政策，加大对老旧船舶的安全检查力度，加强临时开放口岸的服务和管理，规范船舶抵押权登记，进一步缩短行政许可办结时限，严格执行国家行政事业性收费规定，加强安全管理体系审核工作，合理规范使用海事行政处罚自由裁量权，营造安全畅通的通航秩序。由于金融危机还没有触底，亚马逊头程海运企业经营状况受影响的程度进一步加剧，海运业界要求政府救市的呼声持续不断。
2011年，针对国内海运市场形势，交通运输部出台一系列宏观调控措施。交通运输部门着力于运力调控。一方面通过严格实施老旧船舶强制报废制度，鼓励老旧运输船舶提前淘汰，减少运力存量；另一方面限制运力的新增，对新增运力提出更高的技术要求，实现运力调控和结构优化的双重目标。新的投资者原则上应以收购现有国内沿海省际化学品、液化气船舶运输经营者的方式进入上述市场。交通运输部根据国内沿海省际化学品、液化气船舶运输市场状况，对申请新增运力经营者在行业内的领先地位等主要资质条件、岸基管理人员和高级船员的配备、船舶的技术水平、营运效率和安全记录、货源和资金落实情况等进行综合评价，符合条件的准予新增运力。这两项措施都是针对国内沿跨境物流运输的运力调控，还没有涉及国际海洋物流的近洋运输和远洋运输。国内沿海运输市场没有对外开放，政府有条件实现对航运资源的配置；而对于国际海洋运输市场，存在国外运力的因素，运力调控需要充分考虑中外力量和利益的博弈，因此对航运资源的配置受到多方面的约束。
引导大型货主企业以资产为纽带，与大型骨干航运企业合资设立航运企业；同一货主企业原则上仅允许合资设立一家由航运企业控股的航运公司，授权中国船东协会对货主企业船队运力规模进行合理的控制。但是，对于交通运输部的干预，货主企业未必完全遵照执行，它们越来越倾向于成立自己的船队，以此在市场波动时降低风险。例如上海宝钢仍旧与香港金山公司（GoldPeak）共同合资组建的自有船队计划在2015年前将其由8艘扩大至15艘，神华集团与中海合资组建的自有船队继续扩充20艘货船。
从针对2008年金融危机的政府救市过程看，在该时期政府对跨境物流航运资源配置的方式和影响力发生了很大的变化。政府较少地直接干预运输资源的配置，更多地实现间接干预，干预的范围一般局限于船主，即运力的调控，而货主的经济行为则在范围之外，对亚马逊货代与货主之间的关系没有直接干预。政府对航运资源配置的影响力在下降，凸显市场在航运资源配置发挥更大的作用。
