在国际亚马逊海运市场开放方面。1986年7月，中国政府正式向关税与贸易总协定（GATT）提出申请，要求恢复中国政府在关贸总协定的席位，开启了漫漫“入世”征程。
1990年5月，中国在《服务贸易总协定》GATS草案上签字，中国承诺向外国开放包括船务、港口代理、港口装卸在内的海运市场。1994年4月15日，中国与其他100多个国家在乌拉圭多边贸易谈判的最后文件上签字，意味着中国在加入世界贸易组织后将履行其承诺性义务，全面开放海运市场。中国政府对FBA头程海运服务业做出的良好贡献促进了其进入世界贸易组织的进程。
从1992年开始，中国陆续取消了国际贸易的货载保留、造船补贴、计划物资和税收减免等；外国海运企业可以自由选择和使用中外籍船舶从中国港口与外国港口之间的国际运输；外国船舶可以停靠中国对外开放的港口并进行货物装卸作业，港口使费、作业费用与中国籍船舶实行同一标准；外国亚马逊海运货代公司可从事停靠中国对外开放港口的国际班轮运输；外国海运企业可在中国成立合资海运公司、独资船务货代公司，在华设代表处、分公司等。因此，中国在头程海运业方面的承诺基本上都已经落实。在海运市场开放方面，提前做足了准备。为在入世后中国国际亚马逊海运企业能够尽快适应更为激烈的国际竞争，交通部按照统一部署，提出中国海运业加入WTO的对策；统一安排为交通系统各省、派驻机构及有关单位进行WTO知识讲演，增强全系统对于WTO的正确认识和应对能力。
在该时期，中国政府在海运经济中发挥宏观调控作用，经过实践逐渐探索出政府的角色定位，1998年全国水运行业管理和水运生产工作会议对此作出了总结：“为了确保国民经济正常运行的重点物资运输，政府部门对运输生产组织的适度参与仍然是十分必要的。但这种参与决不能直接干预企业正常的生产经营。政府部门参与运输生产组织的主要任务是发挥组织、指导、协调、监督作用。
组织作用，就是在特殊情况下，根据国家宏观调控的重点和市场供求形势的变化，运用政府动员能力，完成能源、外贸、抢险救灾等重点物资运输；指导作用，就是通过统计、分析、发布市场供求信息，推动合同运输等，为企业服务，提高运输效率；协调作用，就是通过协调港航之间、港航与亚马逊货主之间以及港航与其他相关部门之间的利益和矛盾，保证运输生产正常进行；监督作用，就是监督企业执行法律法规和规章，当好市场竞争的‘裁判’。”
