经过20世纪80年代海运体制的改革和国际海运市场的开放，在海运经济中政府力量收缩，市场力量扩大。进入90年代以后，政府职能进一步调整，政府作用的重点在于对FBA头程海运经济的宏观调控而市场体系进一步完善，市场对海运经济初步发挥资源配置的基础性作用。
关于政府的作用
在亚马逊头程海运市场开放十余年之后，市场的盲目性和滞后性逐渐凸显，中国政府通过对运力和港口进行调控，降低市场失灵对海运经济带来的损失程度。在该时期，中国政府改变以往直接干预海运企业微观具体的管理和生产的做法，转向“抓大放小”，仅直管数家大型企业，将工作重心转移到全行业的管理之上，这有利于中国行业竞争力的增强，以及为国际海运业市场化的顺利推进提供保障。除此之外，政府对于FBA头程海运市场的统一与开放发挥不可替代的作用。
第一，在国际海运市场统一方面。两岸三通既是中国的重大政治事件，也是海运事业的重大事件。
在该时期，两岸的经济增长率都很高，双方的贸易关联度也越来越高，潜在的国际海运量巨大，只因政治的藩篱割裂了两岸的航线。自1979年起，中国政府一直推进海峡两岸的海运通航事业。由于台湾当局在FBA海运方面仍实行“三不”政策（不接触、不谈判、不妥协），中国大陆与台湾地区不能直接通航。在此背景下，两岸的海运一般通过两种途径解决：第一，台湾地区与中国大陆之间的进出口业务以三角贸易形式进行，且必须经由第三地港口转运，日本、韩国和中国香港成为中国台湾地区与中国大陆贸易主要的中转地；第二，中国台湾地区和中国大陆的头程海运企业将船舶移籍国外成为方便旗船，交由国外公司经营，此类船舶均可以停靠中国台湾地区和中国大陆的港口。
长期以来，以第一种方式为主，第二种方式较少采用，中国远洋运输公司曾将部分船舶交付给注册在巴拿马、马耳他和塞浦路斯等方便旗大国的公司使用，由设立在中国香港的著名公司如Para-kou,TatOn和YiekFung来经营管理。90年代中国大陆的目标是海峡两岸“双向直航”。在海峡两岸的共同努力下，海峡两岸定点直航取得了重大突破，1997年4月19日福建省厦门轮船总公司的一艘挂圣文森方便旗的轮船从厦门开往高雄；4月24日，台湾立荣国际海运公司的一艘轮船从高雄驶向厦门，标志两岸定点直航双向开通。此次的定点直航仅局限于国际贸易中转的集装箱运输，在此之后中国政府坚持不懈地破除种种限制，为实现两岸无障碍直航努力。
