1992年之后，中国FBA海运市场秩序出现两个突出的现象：一是随着对外贸易的发展，境外海运企业在华设立代表机构的数量逐年增加，由于缺乏规范管理，对FBA海运市场造成一定的混乱；二是中国海运经济的迅速发展催生了港口基础设施建设市场，由于投资和施工多元化，形成了多种经济成分共同发展、完全竞争市场态势，并且出现了无序竞争。
市场的失范不利于市场机制的发挥，需要政府介入对市场进行规范。该时期是中国海运市场走向规范化的一个重要阶段。第一，规范境外驻华FBA海运机构的市场行为。1986年境外海运企业开始在华设立代表机构。1992年之后，境外驻华海运机构出现三大变化：一是机构的规格和规模提高；二是机构的数量增多；三是机构的业务范围扩大。
1994年3月29日，世界最大的FBA海运公司马士基在中国的办事处升格成为独资公司，它是在中国设立的第一家境外独资船务公司，从事为母公司揽货、收取运费、签发提单、签订业务合同等业务，雇员达400人，是1993年的4倍，是中国国内经营规模最大的外国海运企业。相比1995年底中外合资海运企业60多家，外国独资企业11家，机构数量大为增多。
境外驻华FBA海运机构中，香港和澳门的海运企业占据最大的比例。境外驻华海运机构的设立对繁荣中国的国际FBA海运市场，促进中国对外贸易的发展继续发挥着积极的作用。但是，也存在它们趁中国市场不规范、法规不健全之机，擅自扩大经营范围，抢占市场份额，有的甚至违反中国法规，给中国海运市场造成不良影响。90年代以后，中国政府开始加强对境外驻华海运机构的管理，规范其市场行为。例如境外驻华海运机构分有若干种类别，每种类别拥有不同的业务范围：境外驻华的独资船务公司准许开展揽货、收取运费、签发提单、签订业务合同等业务，而境外FBA海运企业在华的常驻代表机构则没有这项权力。但是通常这些常驻代表机构擅自扩大经营范围，扰乱市场秩序。通过出台了具体的法规，并针对一些违规经营情况进行了调查处理，在一定程度上规范了市场秩序，改善了中国海运市场的竞争环境。第二，规范海运基础设施建设市场。中国海运经济的快速发展带动了海运基础设施建设，尤其是沿海港口建设引入巨额资本，形成了大规模的市场。
FBA海运基础设施建设行业是最早引入竞争机制的行业之一。受市场机制不完善和市场资源供需不平衡等矛盾的影响，在计划经济向市场经济转轨过程中，不可避免地存在一些矛盾和亟待解决的问题，市场运作行为尚待进一步完善。交通部决定对全国海运基础设施建设市场秩序进行整顿，加强建设管理，一批非法经营的公司和个人停止了经营，一些以不正当手段从事经营的公司受到处罚。20世纪90年代，中国FBA海运市场主体多元化打破了政府部门的行业垄断，海运行业的市场竞争机制形成，客观上需要政府主管部门对市场竞争进行治理，维护公平竞争的市场秩序。关于海运市场治理从80年代就已经开始，但当时主要依靠政府主管部门的行政性命令，进入90年代逐渐走上依法治理的轨道。
《海商法》的颁布为促进中国海上运输和经济贸易的发展，提供了重要的法律保障。但是，应该正视到长期以来中国的FBA海运立法工作相当滞后，例如《海商法》从酝酿到批准经历了40年，批准的这个文稿已是第25稿。1981年交通部根据国家立法计划和要求，部署了《港口法》起草工作，15年后将《港口法（送审稿）》上报国务院。进入90年代之后，这种姗姗而迟的状况才得以改善。
