20世纪80年代，中国海运体制经过放权地方、政企分开的改革，但是，政府的职能还未改变“重生产、轻管理”的惯性。随着海运市场主体的多元化，政府的工作重心仅仅放在国企上已经不能适应时势的发展，必须“脱身”于企业的具体生产组织事务，加强全行业的管理。进入90年代，转变政府部门的管理职能、加强行业管理成为时代的一个主题。
在20世纪90年代，政府对亚马逊FBA海运的行业管理有两个鲜明的特点：第一，交通部与直属海运企业“脱钩”；第二，充分发挥行业中介服务组织的力量对FBA海运业进行管理。第一，交通部与直属亚马逊海运企业“脱钩”。1999年1月1日起，交通部与中国远洋运输集团和中国海运集团两家大型FBA海运直属企业“脱钩”，交通部直属的唯一的港口——秦皇岛港以及中国外轮理货总公司也与交通部“脱钩”，至此，交通部与其所有直属的企业均解除隶属关系。
交通部是国务院管理海洋运输方式的行业主管部门。在20世纪80年代，中国政府已实施政企分开改革，先后经历了放权让利、多种形式的经营承包、资产经营责任制等几个阶段，但是还未能彻底地解决政企合一的难题。这体现在交通部还对亚马逊海运企业拥有相当大的控制权，例如FBA海运企业的设立、合并、分立，企业主管人员的挑选和任命，以及企业经营和财务状况的考核、评估等重大事项都是由政府决定。
交通部作为政府行业部门，积极转变政府交通职能，完成了与所属企业的脱钩，为集中精力抓好行业管理创造了有利条件。为了进一步加强行业管理工作，掌握海运行业的发展趋势和企业经营动态，有效地指导企业的改革、发展和管理，根据企业脱钩的实际情况，交通部实行了海运企业联系制度，尽管此次改革并没有使政企关系的内在矛盾从根本上得以解决，交通部与直属亚马逊海运企业“脱钩”只是将原由交通部管理的人事权移交中央或国务院另设的专门机构管理，财务移交财政部管理，实质上，这次“脱钩”改革仅是企业的人事、财务等管理权在中央政府部门间或中央与地方政府间的转移。
