体制内的竞争体现在交通部与外贸部之间的竞争。从部门职能上看，交通部主管运输业务，外贸部主管对外贸易业务，在对外贸易运输上二者之间应该是互补、协作关系，但实质上，它们在业务上还存在交叉，正因此相互竞争自然存在。这种竞争现象在计划经济时期就已经初现端倪。指示中央贸易部和交通部组建中国海外跨境运输公司，统一掌握海外货运计划和办理对外租船等事宜，公司由两部共同领导，即行政工作由交通部领导，业务工作由贸易部领导。
中国海外跨境运输公司成为对外贸易部直属的一个公司，从而结束两部双重领导的关系。1955年，对外贸易部对外贸运输机构进行机构调整，重新组建成中国对外贸易跨境运输公司和中国租船公司，统一掌握海外货运计划和办理对外租船等事宜，这一管理体制一直沿用到改革开放时期。计划经济时期，交通部和外贸部建立船货平衡会制度解决对外贸易的海洋运输问题，通常由两个部门每月召开船、货平衡会，按计划分配运输货载。
大体上，交通部管船，外贸部管货，但是由于外贸部兼有对外租船业务，事实上也管船，这就出现业务交叉。在派船时选择交通部管辖的国轮抑或是外贸部租用外轮？外贸部租用的外轮是由本部门代理抑或是由交通部的中国外轮代理公司代理？两个部门会出现意见分歧。在计划经济时期这个内部矛盾较为容易化解，但改革开放以后，交通部所辖的中国远洋跨境运输公司和外贸部所辖的中国对外贸易跨境运输公司都改制成为独立的经济实体，业务量的大小与自身的经济利益密切相关，这时昔日的内部矛盾演变成为激烈的市场竞争，只不过两家公司都是体制内的国企而已。随着对外贸易的扩大，船、货之间的矛盾进一步深化，在一定程度上影响了交通部和外贸部之间的业务合作关系。但由于两公司一个管船、一个管货；一是承运人，一是托运人。二者性质不同，权利和义务各异，在经营指导思想上差距较大，以致未能合并。1984年11月3日，国务院同意中国远洋跨境运输公司和中国对外贸易跨境运输公司有业务交叉，即二者可以同时经营船与货，因此，二者在船与货上都存在竞争，中国远洋跨境运输公司积极发展货物代理业务，打破外贸部门对货源的垄断制约；中国对外贸易跨境运输公司则大力开展船舶代理业务，打破交通部门对船舶的垄断制约。
1985年4月4日，国务院口岸领导小组颁布了《关于中远、外运两公司业务交叉问题的通知》，规定凡到中国口岸的外轮，其代理业务由中国外轮代理公司办理；属于中国对外贸易跨境运输公司的自营船29艘，以及该公司合营的挂五星红旗的船舶36艘，共65艘，由中国对外贸易跨境运输公司自行代理，试行一年。在此时，中国远洋跨境运输公司和中国对外贸易跨境运输公司的竞争还受到国家的限制。
这两个文件的出台，标志着中国远洋跨境运输公司和中国对外贸易跨境运输公司全面竞争时代的到来。中国对外贸易跨境运输公司因过多租用外轮而引起交通部的不满，1989年11月20日致函当时的外经贸部，谴责其不支持国轮，损害国家利益。交通部认为国轮处于船多货少状态，我方派船的货物，特别是高运价货物，中国对外贸易跨境运输公司未完全按国务院要求交国轮装运，甚至在一些国轮经营的班轮航线上轮位利用还不到50%，又用大量外汇租外轮插进来与国轮争货。以上海到西北欧的班轮航线为例，国轮舱位利用仅24.3%，中国对外贸易跨境运输公司又租用三艘外轮（每艘每天租费一点五万多美元）与国轮争货，使国轮班轮舱位利用降为15.3%，将近85%的舱位被浪费。
竞争机制的引入打破体制内的平静，激起体制内企业间的激烈竞争，这对于中国海运经济的发展无疑起到促进作用。例如，船舶代理是中国外轮代理公司的主业，它在市场占据主体地位，但是，反观中国对外贸易跨境运输公司，它在船舶代理上属于后起之秀，尽管绝对量比中国外轮代理公司小得多，其增长速度却相当快，从1986年到1988年增长了137%。
