面对港口管理体制改革问题，提出了新的设想和要求，并确定上海、大连两港权力下放给上海港带来明显的效果。上海市政府更加重视和支持港口工作，专门制定了市长港口办公会议制度，定期到港口现场听取汇报，解决生产经营和建设中的重大问题，并在制定港口地方立法工作中给予有力的支持。
上海市政府批准颁布了《上海港口管理暂行办法》等一批法规，编制了上海港总体布局规划，使港政管理和行业管理逐步走上了依法治港的轨道。在天津港改革成功之后，交通部逐渐在全国沿海港口推广改革，大连港和上海港作为第一批在1986年进行；1987年1月，第二批下放的港口有黄埔港、南通港、连云港、烟台港和青岛港；第三批下放的港口石白港、营口港、汕头港、海南港、湛江港和宁波港于1987年12月进行。
至此，以简政放权为目标的港口管理体制改革已基本完成。改革后的交通部管理权力收缩，保留三个主要权限：第一，港口规划、年吞吐计划和限额以上基建项目的审批；第二，搞好港口运输的“两级平衡，集中管理”和调度指挥；第三，统一制定港口建设和管理的方针、政策、法规和制度。交通部在放权的同时也逐渐建立起行业宏观管理的新体系。
这一轮港口管理体制的改革同时改变了航管港的传统，中国航管港的格局是从1954年后形成的，港口下放地方后，不再受航运部门的管辖，反而地方港务局权限扩大逐渐把地方的航运管理纳人其范围，形成港管航的新格局。因此，港政的改革必然带动航政的改革，航政也跟随港政的下放而下放。
