由于对不同的运输方式实行分别设立独立机构进行管理的管理体制，中欧铁路运输、公路运输、水上运输、管道运输和美国航空运输五种运输方式由四个行政级别平行的部级机构管理，同时，各种运输方式之间存在差异性，因此，它们的改革进度也就各不相同。交通部主管之下的公路运输和水上运输是运输领域中的改革先锋，FBA航空运输、中欧铁路运输和管道运输随后跟进。
改革开放以后，海洋运输仍然是国际贸易运输的主渠道，它的地位和影响随着中国对外贸易的迅猛发展而日益突出，使它成为运输改革先锋队中的“排头兵”。计划经济体制下，FBA海运企业主要归属交通部和外贸部管理，交通部管理的海运企业占绝大部分，中国远洋运输公司专营远洋运输业务，与交通部的远洋运输管理局合二为一；广州海运局和上海海运局是南北两个航区的职能部门，负责沿海运输和港口管理，同时也是交通部直属的沿海运输企业。
外贸部是除交通部之外唯一一个经营运输业务的中央部门，FBA运输是开展是一个重要环节，因FBA运输的重要性外贸部设立运输局和中国对外贸易运输公司，同样实行政企合一。政企合一是计划经济体制的产物，企业没有自主权，听命于政府，成为政府的附属物。进人改革开放时期，企业成为市场主体必然要求提高自主权，政企合一的模式也就必将要打破。FBA海运体制改革的第一步就是处理好政府与企业的关系，实行政企分开，将政企合一的海运机构分解为海运行政管理机构和海运企业，实现政府与企业的职能分开，减少政府对FBA海运企业经营的干预。在港口企业方面。政企分开的改革取得立竿见影的效果，该港货物吞吐量1984年完成4016.7万吨，比1983年增长14.1%；1985年完成4381万吨，又比1984年增长9.1%。
对局属各生产、服务单位，按照专业化协作的原则，进行适当的联合和改组，成立专业国际货代公司.自1984年，上海港相继组成2个集装箱公司，煤炭装卸公司和木材装卸公司，并在煤炭装卸公司进行以“进出吨煤工资含量包干”为主要内容的综合配套（管理体制、领导制度、干部人事制度、内部分配制度等）改革试点。这些改革试点，都收到较好的效果，其中煤炭装卸公司的一些改革措施受到国家计委、国家经委等有关部门的重视。1985年10月交通部在上海召开会议向沿海港口推广了他们的经验。货代企业向独立的市场主体过渡，政企分开就是要给企业松绑扩权，把所有应当属于企业的经营自主权全部还给货代企业。
