由于港口作业的特殊性及港口供应链组织的差异，以货运一体化企业供应能与货运产业供应链有着较大的区别。
1.货运一体化供应链与多元化产业链构成差异：经济规律的借鉴与利用以货运企业为核心的一体化供应链主要包括供应商（货主）、船公司、港口企业、陆上运输公司、分销商等。其实现的是供应链各个环节的资产专有化的治理方式，在一个企业内部通过制度化完成。
（1）经济规律的借鉴以港口多元化产业关联为基础的航运产业链，联系各类产业的投入产出货流（多元化产业链由不同区域之间产业的内在技术关联形成），并由此形成贸易流通环节。通常货运多元化产业链的构建必须是有机的，有时体现为互补或替代，同时体现为多元化产业在不同区域之间关系的整合。这种治理形态往往不是通过投资完成供应链上下游企业的资产专有化，而是通过港口区位优势影响多元产业链与贸易货流，形成更为直接的内在联系与联系的传导。
（2)经济规律的利用贸易货流虽然是市场形成的，但是多元化产业关联却是航运企业有意识介人这种价值链关系中加以引导与治理的。其治理方式往往可以利用不同区域之间的产业内在关系参与中间战略环节投资与治理，或者发挥港区资源区位优势，通过中间环节战略产业的投资建立港口及相关产业建立贸易流量（简）的联系。有时，也会通过全球不同区域之间产业特征，通过贷款融资以及运输价格等的干预，进行战略性产业布局，这种治理有些类似协调或松散型治理，主要是利用经济杠杆或机制对多元化航运产业链的形成发挥影响。
2.货运一体化供应链与多元化产业链比较：战略目标与战略手段
（1）战略自标与手段比较在货运一体化企业供应链中，往往根据其覆盖的航线与区域来构建内部治理的航运网络，各个环节成为企业全球覆盖的必然一环、由于各个环节在企业治理形式上属于上级企业（松散型联盟则为业务的横向联合与协调，但其合作部分的目标一致)，所以，各个环节的企业目标必须与总公司完全一致，为执行总公司的战略目标服务。货运多元化产业链具有全球视角。它本身建立在全球区域产业关系相对稳定的成长的视角上。货运多元化产业链以全球不同地区与国家的产业性质、关联及结构为基础，通过信贷，融资、价格优惠及直接投资中间环节的战略产业，规划具有多元关联的战略产业影响区域产业布局。它是利用经济手段影响不同区城多元化产业网络的布局。
（2)干预模式与方略这些产业并非属于货运供应链企业内部治理的范畴；但是，它根据全球产业布局、关联及梯度结构特点作出关联，通过互补、替代、组合及整合，保证货流及贸易流的稳定增长；另一方面，由于产业关联基础上形成贸易货流的增长具有稳定性、风险的互补性及产业结构梯度增长的成长性，所以，具有改变或减少货运业大资本因风险高、资产专用、沉淀成本高及资金链长所造成的风险。它的治理并不是在高度制度化的企业内部进行治理，而是在经济规律与产业机制下，通过全球区域与国家质检的战略性布局，以港口为航运经营的节点，完成战略性产业之间的投资与合作。
