航运企业将物流体系中构建港航，必须建立一系列的制度化协调机制，以便具体规范双方在的产权关系、职能与业务关系，以及具体涉及的，包括争议处置、利益分配、管理体制等方面的内容。港口与航运经营企业之间的制度化协调机制建立的目标有如下几个方面。
我国海运业历史上国家垄断的时间较长：港口与海运经营业之间协调关系上存在诸多“缺口”我国港航运一体化制度化协调体系的构建需要在国情基础上体现原则，在基础上培育与构建具有前瞻性与战略性的航运核心竞争能力。我国海运业历史上国家垄断的时间较长，目前还存在着行业管理体制与产业运行中市场协调关系上的诸多“缺口”，这其中存在的体制性、制度化上的因素很多。当前，以三大国有海运企业为核心的我国海洋运输经营业基本垄断了我国远洋运输的70%以上的业务，但其与国际航企的竞争力差距却刻不容缓地直接反映到运输业务经营与我国航运产业整体的协同关系上的。换句话说，当前的国际竞争形式，要使我国海运企业取得优势，其背后反映的直接背景内容是如何体现我国海运整体产业协同的优势。这对于海运产业来说是一个体制改革、行业治理及制度创新问题。
海运行业作为战略产业具有特殊性：国情特点要求从我国海运业制度化创新机制全面规划第一，构建我国港口与海运经营业之间的制度创新机制。全球综合物流体系为背景的海运竞争格局的演变趋势给我们海运体制改革提出要求。如何发挥我国港口在一定制度化环境下写产业系统关联的系统机制，是挖掘我国港口体制改革对能力的基础，也是发挥其巨大潜力的前提。它对构建海运业发展的制度创新机制具有现实意义。第二根据国情特点从我国港口与经济在微、中、宏观的关联上进行框架规划。我国海洋运输业机制的构建必然涉及如下几个层面：首先：制度层面上需要产业发展的战略部署。其次，产业层面上需要协调政府机构、完成企业发展与相关产业发展；再次，组织层面上需要构建涉及技术转化、培训、运行模式、运作机制等方方面面的组织规划活动。第三，我国海运业的制度创新机制是提升能力的核心。我国海运企业要走出国门，需要在全球范围内实现国际物流承运人的地位，同时要有能力与全球企业实现并分割国际物流市场。客观的竞争环境要求我们必须培育我国海运业的制度创新机制与创新模式。
众多海外航运巨头登陆我国：培育我国港口与航运经营之间的制度协调机制对国家产业安全具有不可忽视的作用我国与海运谈判成功以后，众多强大的海外航运企业大规模登陆我国，与我国航企开展激烈竞争，一定程度上对我国产业安全造成冲击。不仅我国海运企业受到冲击，我国的海运产业及相关产业也都将受到全面冲击。所以，外资船公司登陆后，培育我国海运业创新机制对国家产业安全具有不可忽视的作用。
构建我国海运业制度创新机制是适应国际物流时代发展的必然选择，具有现实性与紧迫性。在国际物流时代，我国海运业的发展壮大还面临着体制的支持问题，建立能够扶持与支持海运业模式还涉及资金融通、孵化基地以及打破行政分割实现跨行业综合物流供应链规划等层面因素。
