最终“国际航空运输过境协定”被多数参会国签署，并于1945年6月30日生效。而“国际航空运输协定”只有29个国家签署，正式生效的国家有17个，随后到1947年底包括美国和中国在内的8个国家退出。多数国家没有签署的原因在于其授予了第5航权。随后大会提出了一份文件，试图加入到大会的最后文件中，以便在没有多边商业航空协议的情况下国际社会顺利开展国际航空运输活动。
最后成为大会通过文件中的也称为芝加哥模式协议，该模式的主要内容是一国航空公司进入另一国家运营需要该国的授权，以及有关适航、收费和航油、备件及机载物品等的税费问题和法律适用等内容。与此相对的是英国模式协议，它还对航线、运力和运价做了规定。芝加哥大会上还有一个争论激烈的领域就是航空公司的控制权。最初的芝加哥公约文本中有一条“航空公司国籍”，规定只要航空公司满足由其所在国国民多数所有权和实际控制，一成员国就应授予该航空公司权利。随后的第一次修订稿修改为：每一成员国在任何情况下有权取消和撤回对另一成员国航空公司的许可，即使该航空公司满足由其所在国民多数所有权和实际控制。
第二修订稿则修改为：每一成员国有权取消和撤回对另一成员国航空公司的许可，只要该航空公司不满足由其所在国民多数实际控制。”这个修改是在加拿大的提议下做出的。这一变动，实际上更加强化对多数控制权的认定、因为国籍就是一个公司注册的问题，但没有绝对明确的联系。英国支持进行严格的多数控制限制，防止虚假的航空公司，认为国际所有权可以为小国从事国际航空运输提供便利，建议国际干线的运营可以采用国际所有权。巴西反对澳大利亚和新西兰国际所有权的提议，认为这不是一个新的建议，早在1932的裁军会议上，法国和西班牙就提出过航空运输国际化的问题。巴西认为航空运输国际化的时机并不成熟，或者说这样的时机永远也不会有。解决人类冲突的途径不是国际化，国家是所有经济和精神的人类活动的必要基础。加拿大赞同对国际航空运输的国际规制，但反对国际所有权。代表团认为很多小国没有能力和资源建设自己的航空运输业，它们只能借助资本和技术。为了保护本国不受盘剥，这些国家也制定了这些外国公司从法律上看构成了该国的公司，而认定航空公司国籍的问题是一个主权国家的权利，因此只要一家航空公司按照所在国法律组建，其国籍就不应被质疑。它建议满足所有权和实际控制权的一个比例。第三稿又回到第一稿的内容上。但由于各国在国际组织介入国际航空运输上的立场差距很大，有关经济内容没有列入到公约的最后文本中，但关于航空公司所有权和实际控制权的讨论深深影响了以后的航空运输协定。
当时中国国民政府派出了一个规模较大的代表团，有正式代表3人，顾问1人，专家8名，秘书5人，新闻联络官1人。由前交通部长张嘉嗷“任团长。代表团在向大会提交的提案中也提出了有关过境权和商业航空权的看法，认为在确保主权和安全的前提下，中国急于欢迎大量的和高效的外国航空服务扩展至全国。过境权和商业航空权的授予应在适当的规定下进行。
认为过境权应以对商业进入权利的相互满意理解为基础，无论是定期航班还是非定期航班的过境都应按照过境国指定的航线，改变指定过境航线应事先通知；国际航空运输服务下的商业进入航线都应由所在国指定，指定应遵循待遍；外国航空公司应遵守进入运营国的法律，出于国家安全原因，一国可以在提前通知后，临时暂停过境权和商业进入权。当时中国政府的建议没有要求进入一国的定期过境和商业进入需要该国的特别许可，基本立场还是认为商业进入权利应在合理自由的条件下，认为国家不应构成对国际航空运输发展的限制，现有出于安全原因采取的必要措施应逐步放松，以便扩大航空自由飞行范围。
