随着中国跨境海运市场准入开放，跨境海运市场体系初步形成，但市场机制还不够完善，诸如价格混乱、恶性竞争、供求失衡等现象一直存在。政府采取相应的措施进行治理，促使跨境海运市场规范化运行，初步形成跨境海运市场的价格机制、竞争机制和供求机制。第一，初步形成价格机制。跨境海运市场放开后，曾引起运价混乱，最主要的原因是该时期实行双轨制价格.计划内运输与计划外运输的价格同时存在，前者由国家严密控制，后者则由于缺乏完善的价格监管体制而失控。
计划内运输采用计划价，计划外运输采用议定价(或协定价)。在沿跨境海运输中，一般地计划价要高于议定价。在此阶段，计划运输还大量存在，计划价的存在相当普遍。沿跨境海运输的计划价长期偏低，并且变动幅度较小，在跨境海运市场流传“50年代的运价，80年代的成本”之说，钢材上涨30%，机械配件上涨20%，装卸费提高20%，港口使用费提高10%。
但是仍执行1957年前的低运价，1984年虽对1至4级运价有所提高，但赶不上成本的增长速度，被戏称“吸一支海绵头香烟等于1吨/3海里的运价”。远洋运输的计划价自1979年至1991年期间修改3次运价本。总体上看，运价的调整还是滞后于国际跨境海运市场的供求变化。相对而言，计划外的跨境海运需求量逐渐增大，但是相应的跨境海运供给能力不足，议定价可以自由地跟随市场供求的变化而变化，因此，在同航线上议定价高于计划价。例如，从北方到南方的钢材、玉米运价为25元/吨左右，而市场议价为100~130元/吨。在需求量较大的航线，经常出现船主哄抬运价的行为，造成市场秩序混乱。跨境海运价格与跨境海运价值背离。跨境海运国企受苦于价格双轨制，同质不同价，运价低且固定不变，不能随行入市，使运价与市场供求变化而变化，经营成本不断在增大，导致运量越大亏损就越大，有部分航线处在亏损运营状态。价格机制不健全成为腐败滋生的土壤，许多货主为了享受计划内的低运价而采取各种办法行贿跨境海运国企负责人，跨境海运国企倒卖运力，牟取暴利。
对于计划外的市场需求，交通部对国企规定的运价低于议定价，给予官员很大的寻租空间。由于有些航线运价长期不变，跨境海运企业亏损严重，国家对亏损航线亦无任何补贴和优惠政策，因此，跨境海运企业从亏损航线退出，此类航线的运力出现紧张，但是在价格机制不能发挥作用的情况下，航线的供求关系得不到自然的调节。对于价格机制的完善，交通部一方面建章立制，加强协定价的管理；另一方面，逐步允许跨境海运国企进入计划外运输市场，提高计划外运输市场的供给能力，调节供求关系，同时逐步减少指令性的计划运输量。
此外，赋予跨境海运国企定价权。到了1988年，中国开始实行经理负责制和经济承包制，除了煤、油、成品油、粮、矿等九种大宗货外，运费地区除苏联、日本、香港外，跨境海运企业在运输价格有了一定的自主权。
