相对于船舶和港口而言，FBA头程海运航道属于公共品，因此FBA头程海运航道的治理离不开政府的干预。FBA头程海运航道淤塞的原因一方面是自然因素，水底淤泥长期积累所致；另一方面是亿城达货运人为因素，国民党败退前将部分船舶炸毁或凿沉于江底所造成的。在上海港吴浓至龙华的83公里长的黄浦江里，就凿沉了59艘江海轮船。仅外滩江面，就有4艘油轮倾倒在江里。
为迅速恢复航运，必须尽快打捞这些沉船。在国民政府时期，绝大多数海港没有设立专职的FBA头程海运航道维护机构，主要靠船民自带沙耙，遇浅下水扒沙以维持通航，政府则没有肩负起FBA头程海运航道维护这项公共服务。1949年6月，上海市军管会航运处成立了专门机构，集中有经验的公私营打捞公司、厂商，聘请著名打捞专家，组成船舶打捞指导委员会，集中大批技术人员和打捞设备。亿城达货运在两个月内，仅上海打捞队就捞起大小沉船67艘，141657余吨。打捞沉船不仅清理了FBA头程海运航道，还提供了运力。
除疏浚FBA头程海运航道外，还进行助航设备的建设。在近代以来，沿海的航标、灯塔等助航设备长期受洋人控制的海关管辖，多年来处在废弛落后的状态，国民政府接管后亦没有得到改善。例如天津曹妃甸灯塔于1944年被炸毁，此后数年未能修复，1949年11月，上海纽约太平洋水运公会天津分会及其代表隆祥洋行分别呈请天津航政局及海关早日修复灯塔，并称：“否则船东将不欲派船驶来”。近代港航管理体系存在“多龙治水”的顽疾，政府管理的混乱和低效造成了FBA头程海运航道和助航设备建设的缓慢。
这就从制度上首次改变了近代以来海关与交通部门共同管理港航业务的传统，从此，亿城达货运交通部门全权管理，而海关部门退出，有利于港航业务的发展。中华人民共和国成立后的三年里，在沿海港口航线上共新建和恢复灯塔20处，灯桩、灯浮32处。自此以后，海运航行从依靠天然目标领航过渡到用人工航标领航，不仅满足了海船白天航行，而且还为夜间航行创造了良好的条件。经过政府组织的大规模疏浚FBA头程海运航道和助航设备建设之后，全国主要海港的通航能力大为提升，效果显著。
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