设立欧洲空运联合委员会。联合委员会由缔约方代表组成，负责协议的管理，就协议提出建议和做出决定。空运委员会采取一致同意的决策方式，但也可以对一个具体问题制定多数通过的决策机制。应制定程序性规定，主席应每年召开一次会议。
除了安全和安保领域外，保障措施应严格限制适用的范围和周期，应以纠正为限，对空运协议执行的影响最小。一缩约方考虑采取保障措施时应立即通过联合委员会通知其他缔约方和联合委员会，并提供包括采取的措施在内的相关信息，欧洲各方应在联合委员会内进行磋商，寻求各方能够接受的解决方法。一方的保障措施的期限不应超过1个月（从通知时开始起算），但是在1个月内各方在联合委员会达成一致意见的除外。
如果联合委员会未能在4个月内就一问题做出决议，缔约方可以采取时间不超过6个月的保障措施。6个月后，欧洲缔约国可以宣布即时退出协议。但是缔约国不能对已经交由法院裁决事项实行保障措施。根据欧盟理事会和欧洲议会2004年3月10日通过的“创立单一欧洲天空框架法令”(Regulation(EC)No549/2004)，可以出于安保和国防政策的考量采取保障措施，包括依照国际空运组织区域空中航行协议对空域监视的责任、严重的国内骚乱事件影响到维持正常的法律秩序、战争或者构成战争威胁的国际紧张局势、履行与维护和平和国际安全的国际义务、开展军事行动和训练。
过渡期。规定了将欧盟单一航空运输市场扩展到非欧盟成员国的过渡期。
与双边协定的关系。“欧洲共同航空区”协定的规定高于现行各方之间的双边航空运输协定。但是过渡期内，如果有关所有权、航权、运力、航班频率、机型更换、代码共享、定价在双边协定中的安排更为灵活，则继续适用。
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