特别是行政体制对于按照市场机制形成的综合物流一体化体系具有制约作用。但是，我们也不可忽视我国将港口作为一种准公共资源执行国家战略职能的传统特征。这两方面的职能对社会经济发展作用上都各有干秋。但是，如果两方面职能不能通过一种统一的协调机制加以协调，而通过一种法制安排加以统一，使我国海运业的发展适应世界海运产业发展大趋势的要求，那么，任何一种职能都将无法实现。我国当前管理体制制约作用主要表现：
（1)港口产权方面的问题我国港口的产权按企业的关系和所有制关系分级管理的模式。港口主管机构既是部门又是经营部门。现行的港口体制滞后于港口市场的发展要求，制约着港航制度化协调机制的建立。
（2)港口行政管理方面，我国各级行政主管部门与地方政府对港口的参与和影响过多，有些方面干扰了港口企业的运营。港口企业缺乏自主权，完全服从于政府的行政权力，海运经营业与港口产业两者都无法满足自身战略的发展需要，更无法满足港航制度化协调机制建立的条件。
（3)港口法律保障方面存在的问题采取的是渐进的方式，改革的设计只是为了解决某些急迫的问题，缺少长远的改革战略。由于缺少长远的迎接世界海运业竞争的挑战的目标，时下的体制形成的港口与航运经营业之间协调机制的“断层”似乎很难通过市场机制来解决。颁布的法操作性和动态适应性不强。立法的基础与远景视野相对薄弱，同时政策执行的透明度与法制贯彻效果相对滞后。执法部门间权责不清、责权倒置及交叉的结果是港口产业监控缺乏权威性和统一性。
同时，由于赋予了地方政府在战略中的诸多行政权利，进一步造成港口重复建设，甚至形成了目前的大量港口闲置现象。各地在海运业立足本国积极参与国际竞争问题上，忽视了我们海运企业如何参与国际竞争。完善且明确法制体系是推进港航建设的必要前提。法律保障上的缺失，使我国港航供应链制度化协调机制难以建立起来。
