目前，港口、码头等海运设施也作为构建物流一体化中的战略环节,从港口的职能到业务都受到交通的运输部和地方政府的双重行政体制的管理。我国的港口、码头等基础设施理和管理体制的模式以及对资源所配置的调控方式与手段上都不可避免地存在着行政色彩，这与海运经营业所接受的机制来调节资源配置存在差异，即前者继续接受国家职能的管理与控制，而后者接受市场调节。
构体制改革的大方向问题（大的方面涵盖整个运输行业),想一想，只有这个问题解决好了，才能够使其进一步的贯彻航企走出去发展的战略，从而使我国航企航运业务和物流业务经营覆盖的范围能是全球，使其在全球不同区域的业务流程环节获得整合。港航分类治理：制度化治理机制问题是成为当前世界航运企业提升核心竞争力的战略手段。我国一旦推动港口与航运经营业联合而治，或者航企将港口纳入一个治理体系将暴露出很多问题。这种自然资源垄断产业交给谁都有“腐败”的嫌疑，这种独占性准公共产权的赋予无疑在行政环节中会产生不可想象的“寻租”成本。就像城镇化道路与城市发展规划中，某些房地产企业在“拆迁”中获得了执行规划建设的法定行政权利一样，问题就产生了！
如果行业法定制度不明确，产权对于行政的干预权利和市场交易获得的占有等权利的范畴界定不清晰，协调机制不合理，法定原则不明确，那么，是很难具有可行性的。有些专家或许会说，无所谓行政治理还是市场化管理，达到目的就可以了。但是，法制不应以牺牲公众利益为目的，这两种针对港口与航运经营管理与调节机制的组合如何能优胜劣汰，目前只有特权下授予少数企业，但又为何不能为广大竞争者公平获得，通过公平竞争来完成?一旦形成“寻租”或“特别授权”的企业，能否保证其国内获得“特权”海外也一样获得“特权”，能否在世界市场竞争中获得成功？抑或是只会从某些“拆迁”中获得利益?但是，一旦都接受市场机制调节，抑或是将两者同时纳入一个统一体内，不管哪一种，机制发挥所要求的前提将更加明确、细致与具体。这需要建立在主体独立、权责明确基础上的探讨机制，且由此产生的各项内容需要有一个法制的统一遵循的监控，制衡和在、测度的方式。方便企业在经营的时候能有一个准则。这是我们国家海运体制下留下的一块硬伤。
