航班运行，通常指一个航班从进入工作开始，涉及的所有地面保障服务全部完成为止的全过程工作。在这一过程中，犹如由几个演奏篇章组成的一曲大型交响乐，由跨境物流公司、机场管理机构、空管、油料等多个部门分工协作共同完成。通常，航班的商务计划、飞机和机组管理，主要由航空公司或代理人负责；在机场区域的服务工作，主要由机场对各服务单位；有关航班的航行和空中飞行过程主要由跨境电商部门负责指挥和调度，航空公司同时负责对过程的动态情况，以在航班飞行出现异常情况下协助空管共同采取应对措施。
虽然跨境物流在稳步发展和增长，但是越来越严重的不正常航班现象已经对民航和旅客造成了不可小觑的直接和间接经济损失，甚至在一些机场引发不良社会影响的群体事件，严重影响了机场和航班的，并影响着货运代理人在交通运输竞争市场中的健康发展，已经引起各当局的高度重视。目前在我国，由于跨境物流公司原因引起的航班不正常现象占比较高，其原因可以归结为以下几方面：
1)航班计划设计质量问题有的航空公司为了提高国际物流效率，航班安排过密，由于航班改换机型便产生延误。这些都造成了跨境电商物流的先天性延误，属于航班计划设计问题。是在航班计划设计阶段设计人员对市场、航线、机型和运行能力等方面的信息和知识掌握不够，缺乏航班计划设计专业基础或航班运行管理经验等。
2）市场与运力问题有些航空公司对市场缺乏科学分析，要么是有航班计划有运力而没有市场，要么是有市场有航班计划而没有运力，最终导致跨境物流无法正常执行而出现航班终止、取消、合并或临时调整现象，这属于市场营销问题，对航线市场规律掌握不够。
3）保障能力问题有些跨境物流由于飞机机械故障未能按时完成，又无飞机周转调配；有的是机组原因；有的是航班地面保障不及时，如餐食和行李货物装载、机舱清理等原因导致航班不正常，这些属于货运代理公司的运行管理问题，缺乏对航班保障资源的统筹、协调，组织与管理。
