跨境物流机场候机区分配相对机位分配要简单得多，通常的分配原则是候机区尽可能安排靠近登机口，便于跨境物流货物上下。前面曾提及到，值机开放时间过早，可能会产生候机区滞留的旅客密度过大，无形中将会增加候机区容量需求，特别是高峰时段。根据规定，候机区要能够跨境电商的旅客有座位并且每位旅客站立而积不小于1平方米。
因此，机场运控部门，应根据各个环节的运转状态，及时调控值机开放节奏。在机场，需要充分考虑中转旅客的“下机登机口一中转手续办理区一上机登机口”三者之间的货运代理距离，以便中转旅客有足够的时间办理货运代理手续和转机。因此，跨境物流机场候机楼设计阶段就需要同步研究国际快递流程、候机楼构型和功能布局，要真正体现枢纽机场“货运为先”、“无缝衔接”和“便捷”的服务宗旨。
据SITA统计，2007年全球民航旅客运输中49%的延迟与转机有关门，这从负面说明了中转流程对跨境物流正点的重要性。4.商务计划跨境物流公司的商务调度计划通常包括两大部分内容：一是跨境物流计划，包括正班航班、包机航班、加班航班的计划。二是根据旅客航班计划制订随机配载的货物运输计划，即预配载，实际执行时将根据航班跨境物流和交运行李的实际情况进行调整。机场的商务计划主要是所代理的航空货运服务，同样需要根据跨境物流计划的航线和旅客信息进行货物预配载，计划在该航班飞机上将可能搭载的货物，包括货物的体积和重量的考虑。最后实际运行时，将根据航班货运计划的实际情况对预配载的货物运输计划进行适当调整。
物流计划的准备，不仅有利于保障航班正点，而且能够有效地利用跨境物流公司的运载能力，特别是繁忙航线，能创造更多的航班效益。
